موقع جامعة النيلين على الانترنت أول موقع لجامعة سودانية ويحتوي الموقع على العديد من الخدمات المختلفة مثل: نتيجة الطالب الجامعي، المقررات الدراسية، التقويم الجامعي، الجدول الدراسي، جداول الامتحانات الفصلية والنهائية.
